In der dritten Staffel geht es im Wesentlichen um die neue Meerjungfrau Bella und um den Wasser-Tentakel.
Zu Beginn der dritten Staffel erfährt man, dass sich Emma auf Weltreise befindet. Außerdem ist der Vollmond für die beiden übrig gebliebenen Meerjungfrauen Cleo und Rikki zunächst nicht mehr gefährlich.
Zane hat (nach einer Idee von Rikki) das leerstehende Juice-Net-Café gekauft und will es zusammen mit Rikki als Rikki’s leiten. Da ihnen der Vollmond keine Probleme mehr macht, setzen sie als Eröffnungstermin den Vollmondtag 7. Februar fest. Doch gummiartig aussehendes Wasser (Tentakel) versucht zunächst Cleo zu attackieren. Als sich Bella, die Sängerin des Cafés, Rikki und Cleo treffen, beobachten die beiden, wie das Wasser Rikki ins Meer zieht, und mit ihr zum Mondsee schwimmt. Cleo springt ebenfalls ins Wasser, um Rikki zu helfen. Bella springt ihr hinterher und gibt sich damit ebenfalls als Meerjungfrau zu erkennen. Bella besitzt ebenfalls eine Fähigkeit, sie kann Wasser in eine gelatineartige Substanz (Glibber) verwandeln, mit dessen Hilfe sie den Tentakel zerstören und Rikki befreien können. Außerdem kann Bella das Wasser erhärten, was sie später nutzt, um einen trockenen Weg durch einen Fluss zu schaffen.
In der Mondseehöhle finden sie den Apnoetaucher Will auf, der in die Höhle getaucht ist, und dort vom Wassertentakel angegriffen wurde. In den folgenden Folgen kommt Will durch seine Nachforschungen bezüglich des Tentakels und weil er sich zeitgleich mit Bella anfreundet dem Meerjungfrauengeheimnis immer näher, bis er es in Folge 62 (Bella) bzw. 64 (Cleo und Rikki) herausfindet. Zeitgleich freundet sich Cleos getrennt lebender Vater mit Sam an.
An Vollmondtagen werden die Mädchen nun immer wieder von dem Tentakel angegriffen. In Folge 58 stellt Lewis fest, dass das Wasser aus Mako Island nun seltsame magische Fähigkeiten besitzt.
In Folge 59 taucht Sophie, die Schwester von Will auf. Sie ist die Tauchtrainerin von Will, und bekommt mithilfe von Intrigen einen Job im Café. In Folge 65 bekommt Lewis ein Stipendium als Meeresbiologe in Amerika und zieht daher dorthin.
Während die Mädchen kleine Kristalle finden, die sie nun, als Ersatz für die bisherigen Anhänger, tragen, beginnt Sophie sich im Café hochzuarbeiten und Zane zu umgarnen. Schließlich trennt sich Rikki von ihm. Will ist von dem harten Training genervt und beschließt seine Taucherkarriere aufzugeben.
Rikki beginnt den Tentakel nicht mehr als Feind zu verstehen, sondern als eine Art Freund, der ihnen etwas sagen will. Die Freunde finden heraus, dass die Kristalle, die sie als Anhänger nutzen, Mondlicht speichern und damit eine große magische und magnetische Wirkung haben. In Folge 74 überzeugt Rikki die anderen schließlich, sich vom Tentakel einfangen und nach Mako Island bringen zu lassen. Der Tentakel zeigt ihnen eine Art Film, in dem sie einen Kometen sehen. Nachdem der Film zunächst abbricht, als Zane und Will im Mondsee auftauchen, gelingt es den dreien in Folge 77 den ganzen Film zu sehen, indem sie durch ihre Kristalle einen Vollmond simulieren. Er zeigt, dass ein Komet auf der Erde einschlagen und große Verwüstungen anrichten wird.
Derweil steckt das Café in großen finanziellen Schwierigkeiten. Sophie überredet Zane, Ryan, einen Gesteinsexperten, der wertvolle Kristalle auf Mako Island vermutet, zu finanzieren, um das Café so zu retten. Dabei sprengt Ryan den Mondsee auf Mako Island. Er bleibt zwar begehbar, verliert dadurch jedoch seine magischen Fähigkeiten.
Da ihnen die magischen Fähigkeiten des Mondsees nun nicht mehr zur Verfügung stehen, müssen Bella, Rikki und Cleo ihre eigenen Fähigkeiten nutzen, um den Kometen an der Erde vorbeizulenken. Sie erzeugen eine Säule aus Wasser und Blitzen, die den Kometen schließlich umlenkt.
Die Serie endet für Bella, Rikki und Cleo mit einem erfolgreichen Schulabschluss, sowie mit einigen vagen Aussagen: Sophie deutet an, sich zurückzuziehen, die Beziehung zwischen Zane und Rikki scheint sich zu verbessern und Lewis taucht überraschend bei der Abschlussfeier auf, offenbar aufgrund von Cleo.
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