Zu Beginn der Staffel stranden die beiden Freundinnen Emma und Cleo und ihre neue Mitschülerin Rikki bei einer gemeinsamen Bootstour auf der Insel Mako Island. Sie gelangen in einen Kratersee (Mondsee), den sie nur durch einen Tunnel im Mondsee wieder verlassen können. Für Emma als Schwimmprofi ist das kein Problem, aber die wasserscheue Cleo scheut sich vor dieser Herausforderung. Als sie endlich alle im Mondsee sind, erscheint der Vollmond über dem Krater des Vulkans und das Wasser beginnt zu leuchten und zu brodeln. Die Mädchen wundern sich zwar, sind aber einfach nur froh aus dem Krater entkommen zu können. Am nächsten Tag aber stellen die drei fest, dass sie offenbar über Nacht Meerjungfrauen geworden sind und ihnen ist schnell klar, dass sie dies geheim halten müssen, wenn sie nicht als Forschungsobjekt enden wollen. Das Geheimnis zu bewahren ist leider gar nicht so einfach, da die Mädchen von jetzt an jeden Kontakt mit Wasser in der Öffentlichkeit vermeiden müssen, weil sie sich sonst innerhalb von 10 Sekunden in Meerjungfrauen verwandeln.
Bald finden Cleo, Rikki und Emma heraus, dass jede von ihnen eine besondere Meerjungfrauen-Fähigkeit besitzt: Cleo kann Wasser in jede erdenkliche Form bringen, Emma kann Wasser gefrieren lassen und Rikki kann es bis zum Kochen erhitzen. Obwohl sie beschließen, auch dies geheim zu halten, erfährt Lewis, Cleos bester Freund, dass sie Meerjungfrauen sind.
Eine alte und ziemlich wunderliche Frau namens Louise Chatham taucht im Leben der Mädchen auf und macht Andeutungen über die besonderen Fähigkeiten der drei. Außerdem warnt sie Cleo vor dem Vollmond.
Im weiteren Verlauf der Staffel taucht Dr. Linda Denman, eine Meeresbiologin, auf, bei der Lewis versehentlich eine Probe Hautprobe von Cleo liegen lässt. Dr. Denman stellt fest, dass die Haut sich bei Kontakt mit Wasser in etwas ganz Anderes verwandelt und stellt Lewis sofort zur Rede. Sie weiß, dass sie dort einer großartigen Entdeckung auf der Spur ist und Lewis muss die gefährliche Neugierde der Forscherin abwenden. Er klaut die Probe und löscht die Computeraufzeichnungen der Forscherin, woraufhin diese abreisen muss.
Emma muss schließlich den arroganten Geschäftsmannssohn Zane aus dem untergehenden Boot Mrs Chathams retten. Halb ohnmächtig sieht Zane Emmas Fischschwanz und ist von nun an besessen von der Vorstellung, dass es in den Gewässern rund um Mako Island Meerjungfrauen gibt. Tatsächlich findet Zane auch immer wieder Hinweise, die auf eine Existenz von Meermenschen hindeuten. Gleichzeitig freundet er sich mit Rikki an (wovor sie Mrs Chatham eindringlich warnt). Die drei Freundinnen finden heraus, dass Mrs. Chatham zusammen mit ihren Freundinnen Gracie und Julia vor 50 Jahren ebenfalls durch die Magie des Mondsees zu Meerjungfrauen geworden sind und die drei Mädchen bekommen von ihr ihre Erinnerungsstücke in Form je eines Anhängers.
Gegen Ende der ersten Staffel taucht Dr. Denman zu Fischzählungsforschungen wieder auf. Zane überredet sie, auch nach Hinweisen auf Meerjungfrauen zu suchen. Durch ihr High-Tech-Kameras erkennt die Forscherin Cleo, Rikki und Emma als Meerjungfrauen. Zwar wird Rikki indirekt von Zane gewarnt, der ganz begeistert ist, dass die Leute ihm endlich glauben, dennoch gelingt des Dr. Denman, die Meerjungfrauen und Lewis einzusperren um Emma, Rikki und Cleo wissenschaftlich zu untersuchen. Als Zane erfährt, dass eine der Meerjungfrauen Rikki ist, hilft er ihnen zu entkommen. Mrs. Chatham legt ihnen nahe, ihr Meerjungfrauendasein bei einer Mondfinsternis aufzugeben, um kein wissenschaftliches Interesse auf sich zu ziehen. Um es für Dr. Denman überzeugend zu machen, verheimlicht sie ihnen dabei, dass diese Wirkung nur für zwölf Stunden anhält. Dr. Denman muss mit ansehen wie die Mädchen vor ihren Augen ihre Fischschwänze verlieren und reist enttäuscht ab, ohne die Ergebnisse zu veröffentlichen.
Die Staffel endet damit, dass sich Zane und Rikki trennen und die drei anschließend herausfinden, dass ihre Kräfte immer noch existieren.
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